Entre os principais problemas identificados destacam-se o reduzido número de composições face ao aumento da procura provocado pela implementação do Passe Verde; as dificuldades na marcação obrigatória de lugares, que frequentemente esgotam em poucos minutos; os constantes atrasos, muitas vezes entre 45 minutos e uma hora e meia; a circulação de comboios Intercidades algumas vezes substituídos por material regional menos confortável e mais lento; e as automotoras que efetuam o percurso entre Beja e Casa Branca com ar condicionado avariado, mesmo durante os períodos de temperaturas superiores a 40 graus, colocando em causa o conforto, a segurança e a saúde dos passageiros. A Comissão recorda que a defesa do transporte ferroviário é uma necessidade estratégica para o Alentejo, porque é essencial para combater o isolamento da região, garantir mobilidade a quem não dispõe de transporte próprio, promover a coesão territorial, reduzir o impacto ambiental das deslocações e contribuir para o desenvolvimento económico e turístico.